台灣地區的鯨鯊漁業是近十年來才逐漸發展出來，鯨鯊因為它的肉質鮮嫩、細緻，顏色雪白，因此又被漁民稱為「豆腐鯊」。在台灣地區鯨鯊主要是被定置網、鏢刺及流刺網所捕獲，在台灣北部、東部、南部及澎湖海域都有捕獲紀錄，鯨鯊的漁獲及拍賣地點主要集中在宜蘭蘇澳、台東成功及台南安平等漁港。根據調查研究結果，近年來因為鯨鯊持續漁獲，已有逐年減少趨勢。